В каких случаях допускается расхождения между остатками в ЕГАИС и в декларации?

В ЕГАИС Вы производите все действия и фиксируете их, то есть прием товара / продажа отражаются в режиме реального времени.

В декларации Вы отображаете документальные операции, например, если накладная поставщиком выписана 30 июня, а в ЕГАИС принята 1 июля, то данная накладная пойдёт в декларацию 2 квартала, но остатки по ней сядут в начале 3 квартала соответственно.

Из-за этого и возникают расхождения, которые надо учитывать при заполнении декларации.

И второй пример, когда возникают расхождения:
Из-за разных методик учета списания, в ЕГАИС списание продукции за 30 число произошло 1 июля. В данном случае продажа в декларации должна быть указана 30 числа, а в ЕГАИС данное списание произойдет 1 июля.

Если данные правила не нарушены, то в таком случае остатки в декларации должны быть равны остаткам в ЕГАИС.
консультация по декларированию